Έξω από το Μοναστηράκι Αμαρίου, στη θέση «Κόκκινος Χάρακας, έχει ανασκαφεί σημαντικό μινωικό ανακτορικό κέντρο παλαιοανακτορικής περιόδου 2000-1700 π.Χ., το οποίο φαίνεται να ήταν στενά συνδεμένο με τη Φαιστό. Πρόκειται για μια αρκετά εκτεταμένη εγκατάσταση, η οποία υπολογίζεται ότι καταλάμβανε περίπου 300 στρέμματα.
Το κέντρο διέθετε μεγάλες αποθήκες αποθήκες όπου αποκαλύφθηκε μεγάλος αριθμός πίθων για την αποθήκευση αγαθών, χώροι λατρείας, μεγάλα εργαστήρια καθώς και χώροι κατοικίας. Επίσης, εδώ έχει βρεθεί δωμάτιο με 150 σφραγίσματα το οποίο έχει ερμηνευθεί ως το πρώτο αρχείο σφραγισμάτων. Στον πυρήνα του ξεχωρίζει ένα κτίριο με κυκλώπεια τοιχοδομία και οδοντωτή πρόσοψη, στο οποίο διακρίνεται η «Μινωική Αίθουσα» με κεντρικό κίονα και θύρα με λίθινες βάσεις παραστάδων. Ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζει το ολοκληρωμένο σύστημα διαχείρισης όμβριων υδάτων του ανακτορικού κέντρου, το οποίο χρονολογείται στο τέλος της παλαιοανακτορικής περιόδου (1700 π.Χ.) και αποτελεί προς το παρόν το πρωιμότερο και το μοναδικό για την εποχή δείγμα. Σήμερα μπορεί να δει κανείς στο χώρο τους αγωγούς, τις λεκάνες συλλογής και την κυκλική δεξαμενή.
Το ανακτορικό κέντρο του Μοναστηρακίου καταστράφηκε από σεισμό και την πυρκαγιά που ακολούθησε στο τέλος της παλαιοανακτορικής περιόδου (1700 π.Χ), όπως συνέβη και στα υπόλοιπα ανακτορικά κέντρα και τα μεγάλα ανάκτορα της Κρήτης. Σε αντίθεση όμως με τα τελευταία, το Μοναστηράκι δεν ανοικοδομείται κατά την επικείμενη νεοανακτορική εποχή και εγκαταλείπεται οριστικά.