Ο αλλοιωμένος σήμερα, μονόχωρος Ναός της Αγίας Άννας, σε μικρή απόσταση νότια του οικισμού του Αμαρίου, είναι ένας από τους πιο γνωστούς της Κρήτης, εξαιτίας των πολύ πρώιμα χρονολογημένων λίγων τοιχογραφιών του, στα 1225, στην κόγχη του ιερού. Ο ναός ήταν αρχικά μονόχωρος, ξυλόστεγος, με απλή διάρθρωση των εξωτερικών επιφανειών. Από την πρώτη φάση σώζονται ο ανατολικός, ο νότιος και ο δυτικός τοίχος. Ο βόρειος, με τα χαρακτηριστικά οξυκόρυφα τυφλά αψιδώματα, ανακατασκευάστηκε στις αρχές του 14ου αι., πιθανόν μετά τον σεισμό του 1303, ενώ το δυτικό τμήμα του ναού ανακατασκευάστηκε μετά από νέα κατάρρευση. Ο νότιος τοίχος είναι κτισμένος εσωτερικά εξολοκλήρου από πλίνθους και εξωτερικά από κοινή τοιχοποιία με παρεμβολή οστράκων. Η εσωτερική του επιφάνεια διαμορφώνεται πλαστικά από τρία τοξωτά αψιδώματα, από τα οποία το ένα είναι διαμπερές και τα άλλα έχουν τροποποιηθεί σε μικρότερο μέγεθος. Τρία, μονόλοβα, τοξωτά παράθυρα, ψηλά στον νότιο τοίχο, επιβεβαιώνουν ότι ο ναός ήταν αρχικά ξυλόστεγος. Στην κόγχη του ιερού σώζονται λίγες παραστάσεις.
