Δυτικά από το χωριό Θρόνος, σ’ έναν λοφώδη τόπο που εκτεινόταν στους σημερινούς οικισμούς Αγία Φωτεινή, Θρόνος, Κλησίδι, Γέννα, Απόστολοι, βρίσκονται τα ερείπια της αρχαίας Συβρίτου, μιας πολύ σημαντικής πόλης της Κρήτης.

Η ίδρυσή της ανάγεται στον 12ο αι. π.Χ. με τη μετακίνηση πληθυσμών που προέρχονται κυρίως από την κοιλάδα του Αμαρίου στο ύψωμα της Κεφάλας, σ’ ένα φυσικό οχυρό που παρείχε ασφάλεια. Από την εποχή αυτή έχουν εντοπιστεί κτηριακά κατάλοιπα τριών συγκροτημάτων της ΥΜΙΙΙΓ εποχής. Μάλιστα, η πρώτη μνεία του οικισμού αναγνωρίστηκε στις πινακίδες της Γραμμικής Β Γραφής. Το προελληνικό αυτό όνομα προέρχεται από τις λέξεις συ που σημαίνει νερό και βρίτυ που σημαίνει γλυκό, η ονομασία δηλαδή της πόλης σήμαινε «γλυκό νερό». Η κατοίκηση συνεχίζεται χωρίς διακοπή μέχρι τα αρχαϊκά χρόνια όταν το κεντρικό, πιθανόν λατρευτικό οικοδόμημα καταστρέφεται στις αρχές του 7ου αιώνα.

Η επόμενη φάση της κατοίκησης χρονολογείται στη ρωμαϊκή περίοδο, κατά την οποία ο οικισμός εκτείνεται στα χωριά Θρόνος, Αγία Φωτεινή και Γέννα. Η Σύβριτος φτάνει την εποχή αυτή στο απόγειο της ακμής της, είναι ισχυρή και αυτόνομη πόλη με δικό της αργυρό νόμισμα. Το οικιστικό κέντρο της αρχαίας Συβρίτου εντοπίζεται πάνω στον λόφο της Θρονιανής Κεφάλας, ακριβώς πάνω από το ομώνυμο χωριό, στις δυτικές υπώρειες του Ψηλορείτη. Η επικράτειά της εκτείνεται σε όλη την ευρύτερη περιφέρεια του σύγχρονου οικισμού, φτάνει ως την αρχαία Σουλία, το λιμάνι της Συβρίτου, πιθανότατα τη σημερινή Αγία Γαλήνη και επεκτείνεται στις δύο επαρχίες Αμαρίου και Αγίου Βασιλείου. Από την αρχαία Σύβριτο έχουν έρθει στο φως τμήματα της ακρόπολης, το υδρευτικό της δίκτυο που μετέφερε το νερό από μεγάλη απόσταση όπως και ερείπια οικιών με μωσαϊκά δάπεδα, όπου έχουν βρεθεί αγγεία, ειδώλια και μεταλλικά σκεύη. Τα τελευταία εκτίθενται σήμερα στο Αρχαιολογικό Μουσείο Ρεθύμνου. Το νεκροταφείο της αρχαίας πόλης έχει αποκαλυφθεί στα νοτιοδυτικά του χωριού Θρόνος.

Κατά τους μετέπειτα πρώιμους βυζαντινούς χρόνους φαίνεται ότι, η Σύβριτος εξακολουθεί να διαδραματίζει σημαντικό ρόλο, καθώς αποτελεί την έδρα του επισκόπου Συβρίτου που αναφέρεται μάλιστα και στη Δ Οικουμενική Σύνοδο το 451.

Η πόλη της Συβρίτου πιθανότατα καταστράφηκε από τους Σαρακηνούς, αλλά η ονομασία διατηρήθηκε και στα πρώτα χρόνια της Ενετοκρατίας.