Il est situé au nord-est du village d’Elenes, tout près des fontaines d’eau traditionnelles du village. Son entrée est formée sur un petit plateau, elle est étroite et basse avec une orientation sud-ouest et une vue vers le mont Kentros. Dans sa plus grande partie, la grotte est constituée d’un long couloir descendant tubulaire, qui se développe de manière progressive à différents niveaux. Certains points sont même si étroits que leur accès est impossible. La décoration minimale de stalagmites préservée à l’intérieur est pillée, tandis que seule une petite partie à l’extrémité reste active (liquide).

Il convient également de noter que la grotte de Margeles est en même temps un site important d’une colonie minoenne. Les fouilles ici ont mis au jour des haches en pierre et des poteries datant de la fin de la période néolithique (environ 3300 – 3000 avant JC). Les données archéologiques démontrent également l’utilisation de la zone tout au long de la période minoenne ainsi que pendant la période gréco-romaine.