Η Ίδη ή Ψηλορείτης, με την ψηλότερη κορυφή στα 2.456μ. (Τίμιος Σταυρός), χαρακτηρίζεται από ποικιλία τοπίων, μεγάλη βιοποικιλότητα, παρουσία πολλών ενδημικών ειδών χλωρίδας και πανίδας, ακόμα και σπάνια και απειλούμενα είδη. Ασβεστόλιθοι, δολομίτες και σχιστόλιθοι είναι τα κυρίαρχα πετρώματα. Λόγω του έντονα καρστικοποιημένου τοπίου, το ανάγλυφο περιλαμβάνει φαράγγια, πόλγες, μεγάλο αριθμό δολινών και πολλές εκατοντάδες σπήλαια και βάραθρα, με κάποια από τα βαθύτερα της Ελλάδας να εντοπίζονται σε διάσπαρτες θέσεις της οροσειράς. Το σπήλαιο Σφεντόνη στα Ζωνιανά και το Ίδαίον Άντρο στο οροπέδιο της Νίδας είναι από τα σημαντικότερα επισκέψιμα σπήλαια της Κρήτης.

Περισσότερα από 100 είδη φυτών της περιοχής είναι ενδημικά του νησιού. Μερικά από αυτά είναι ιδιαίτερα σπάνια όπως το Horstrissea dolinicola (στενοενδημικό της περιοχής). Κάποια από αυτά όπως τα Duvalius mixanigi και Serradium sbordoni είναι στενοενδημικά και απαντώνται σε ένα ή δύο μόνο έγκοιλα του βουνού. Απολιθώματα ελαφιών και σκελετοί αγριμιών (Capra aegagrus cretica-εξαφανισμένο από τον Ψηλορείτη πριν αρκετές δεκαετίες) έχουν βρεθεί σε κάποια από τα βάραθρα του βουνού. Οι δολίνες έχουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον: οι υγρές χαρακτηρίζονται από αραιή βλάστηση ετήσιων φυτών κοινών σε άλλες περιοχές αλλά σπάνιων στην Κρήτη, ενώ οι ξηρές χαρακτηρίζονται από πυκνή βλάστηση και, από την εμφάνιση του Polygonum idaeum και του Gagea fibrosa.

Τα φρύγανα και οι θάμνοι μακκίας κυριαρχούν έως τα 1.600μ. υψόμετρο. Συστάδες από πρίνους Quercus coccifera υπάρχουν διάσπαρτες στον ορεινό όγκο. Τα δάση πεύκων (Pinus brutia) εμφανίζονται στις νότιες και δυτικές πλαγιές ενώ τα κυπαρίσσια (Cupressus sempervirens) και τα σφεντάμια (Acer sempervirens) είναι διασκορπισμένα έως και τα 1700μ. υψόμετρο, δημιουργώντας συστάδες μόνο περιστασιακά. Πάνω από τα 1.700μ. η βλάστηση είναι αποσπασματική με χαμηλούς θαμνώνες από αγκαθωτά φυτά. Πολλά φυτά που χαρακτηρίζουν αυτούς τους σχηματισμούς είναι ενδημικά της Κρήτης (Asperula idaea, Centaurea idaea, κ.ά.).

Τα υπόλοιπα τμήματα της περιοχής καλύπτονται από κρητικά φρύγανα με κυρίαρχα τα Berberis crettica euphorbia acanthtamnos και Astragalus angustifolium, τα οποία φτάνουν έως το υψόμετρο των 1500-1600μ. Στο νοτιοδυτικό τμήμα του Ψηλορείτη που χαρακτηρίζεται από έντονες κλίσεις με απότομες ορθοπλαγιές και πευκοδάση έχει εντοπισθεί ο κρητικός Αγριόγατος. Σε πολλές περιπτώσεις οι απότομες γεωλογικές ανυψώσεις έχουν δημιουργήσει μεγάλο αριθμό, φαραγγιών που θεωρούνται μεγάλης σημασίας για την παρουσία αναπαραγόμενων αλλά και μεταναστευτικών αρπακτικών, όπως είναι το φαράγγι των Πλατανίων. Σημαντικότερα είδη της περιοχής ο γυπαετός, το όρνιο, ο χρυσαετός και η κοκκινοκαλιακούδα.